1875 yılında inşa edilen, Vaftizci Aziz İoannis'e adanmış ortodoks Kilisesi Uzunköprü'nün Muradiye Mahallesinde bulunmaktadır. Moloz taştan yapılan binanın bazı yerlerinde de süs amaçlı tuğlalar kullanılmış. Kilise, üç nefli bazilika tipindedir. Apsis kubbesi ve çatı alaturka kiremit kaplıdır. Burada bulunan bazı freskler restorasyon sırasında açığa çıkmıştır. Kilise içindeki tüm taşınabilen elemanlar, mübadele sırasında Yunanistan'a götürülmüşlerdir. Bu kiliseye ait çanlardan biri halen İskeçe Kilisesi'nde kullanılmakta olup diğer kilise içinde sergilemektedir. Uzunköprü'de 17 bin civarındaki rum vatandaşın bu kilisede vaftiz edildikleri bilinmektedir.

Uzunköprü Belediyesi tarafından Kasım 2011 tarihinde başlatılan restorasyon çalışmaları 2013 yılında tamamlanmıştır. Eski ihtişamlı görünümüne kavuşan tarihi kilisenin açılışı Edirne Valisi Hasan Duruer, Fener Rum Patriği Bartholomeos, CHP Grup Başkan Vekili Akif Hamza Çebi ve Belediye Başkanı Enis İşbilen'in katılımıyla 11 Mayıs 2013 tarinde gerçekleşmiştir. Aziz İoannis Kilisesi, bundan sonra kültür ve sanat evi olarak hizmet verecektir.